室町教会は、１８８９（明治２２）年に米国北長老教会の宣教師ポーター夫妻によって種が蒔かれたことによって伝道が開始されました。その後、１８９４（明治２７）年5月１３日に日本基督京都教会と名づけられて、旧日本基督教会としては京都での最初の教会として設立。１９０３（明治３６）年2月11日、旧会堂が建築・献堂されると同時に、その教会名が日本基督室町教会となされました。
1941（昭和16）年、日本のプロテスタント教会は、宗教団体法施行に伴い合同して日本基督教団を設立し、日本基督教会、しいてはそこに属する室町教会も教団に所属したので、日本基督教団室町教会と名を改めました。
第二次世界大戦中、戦後の復興期を経て、１９９３（平成５）年、現会堂が献堂されました。
創立より、以下のそれぞれの牧師が牧会にあたり、教会員の一人ひとりと共に、教会を形作ってきました。
〔・吉岡弘毅牧師（1891～1897）・石橋重則伝道者（1897～1903）・大谷虞伝道者（1903～1904）〕
○佐々木国之助牧師（1904～1911）
○日高善一牧師（1912～1933）
○麻生隆義牧師（1934～1941）
○山谷省吾牧師（1942～1946）
○石黒寅亀牧師（1947～1951）
○柏井忠夫牧師（1951～1983）
○樋口進牧師（1983～2005）
○廣瀬規代志牧師（2005～2013）
○浅野献一牧師（2013～）
今なお、主イエスにある「新しい世界」を求めて歩んでいます。
「旧会堂」（金斗鉉 作）
室町教会の雰囲気について
・静かに、礼拝において神さまからのメッセージ（説教・みことば）を聴き、共に味わうという基本的な姿勢が、ここにはあります。
・横（会員同士）の交わりは、多くはありません。神さまと向き合い、静かに信仰生活を歩みたい人に向いていると思います。ゆるやかなつながり、それぞれの会（オリーブの会：女性の会、ミルトスの会：若い世代の会）はありますので、ご自由にご出席ください。
・昔からの気風で、ごり押しするような感じのものはなく、自由な風がわたっている感じです。
・伝統を遡れば長老教会です。伝統を大切にしつつも、そのことに縛られない懐の深さ、広がりを大切にしています。
ご参考にしていただければ、幸いです。
「聖なる光」（三浦啓子 作）
ヒマラヤスギ（室町教会シンボルツリー）
【上京区 区民の誇りの木】
教会看板
【京都市 歴史的意匠屋外広告物指定（京都景観賞）】
牧師の紹介
牧師 浅野 献一
1968年2月 北海道・旭川生
1970年3月 日本キリスト教団 旭川六条教会（北海教区）・川谷威郎牧師より幼児洗礼
1990年12月 旭川六条教会・芳賀康祐牧師より堅信礼
1992年6月 日本キリスト教団 札幌北光教会へ転会
（岸本和世牧師・小原克博牧師：北海教区）
1994年４月 同志社大学神学研究科（組織神学専攻）社会人入学
1994年5月 日本キリスト教団 室町教会（樋口進牧師：京都教区）へ転会
1996年3月 同志社大学 修了（その後２年間、研修生として大学在籍）
1998年4月 日本キリスト教団 鹿島教会伝道師・鹿島幼稚園チャプレン
（担任教師：主任担任教師 青木敬和牧師：関東教区）
2001年4月 日本キリスト教団 大阪大道教会牧師（主任担任教師：大阪教区）
〔2003年4月～2011年9月 YMCA学院高等学校宗教科講師〕
2013年6月 日本キリスト教団 室町教会牧師（主任担任教師：京都教区）
現在に至る
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